Сюжет:Тысячи лет назад Старший Бог Шиннок восстал против остальных Старших Богов и решил использовать молодое Земного Царства, как источник бесконечной мощи. Для этого он создал амулет, который давал ему возможность путешествовать между мирами и не быть замеченным Старшими Богами. Молодой бог Грома и защитник Земли Рейден стал на защиту своего царства и повёл войну против Шиннока. Во время войны с Шинноком была уничтожена целая цивилизация, но Рейдену всё-таки удалось победить. Шиннок был сброшен в Преисподнюю, где и оставался в течении многих тысяч лет.

За два года до событий первой игры Mortal Kombat, Саб-Зиро старший помог Куан Чи вернуть амулет Шиннока, и теперь после поражения Шао Кана, Куан Чи привёл в действие свой план по возвращению Шиннока из Преисподней. С помощью предателя из Эдении, Шинноку удалось захватить эту реальность и направить свою Армию Тьмы на Небеса, чтобы уничтожить Старших Богов. Его армии удалось убить большинство богов, но Рейдену и Фудьзину удалось спастись и бежать на Землю, где они собрали лучших воинов Земли, чтобы сразиться с Шинноком и его союзниками. Вражда между Рейденом и Шинноком снова началось, но на сей раз эта битва может быть выиграна смертными.

Геймплей:Команда разработчиков Мидвей решила создать трёхмерную игру серии Mortal Kombat, решив следовать растущей моде на 3D игры. Для этого Мидвей решила создать с нуля собственное «железо» названное «Зевс». Это привело к задержкам в разработке и большая часть игры проходила тест на системах предназначенных для двухмерных игр с пререндерненными моделями персонажей.

Как рассказал в своих интервью Эд Бун, он был серьёзно озабочен сохранением ощущения двухмерного геймплея, но с трёхмерной графикой. Сначала он волновался, что особенности присущие трёхмерным играм сделают это невозможным. Основное различие между двухмерными и трёхмерными файтингами заключалось в том, что трёхмерные файтинги пытались симулировать реалистичные восточные единоборства. Одна из причин по которой это было сделано, создатели игр хотели использовать преимущества плавного перехода кадров и метод «захвата движений» (Motion Capture), используя трёхмерные модели. Например, в Virtua Fighter настоящие мастера восточных единоборств исполняли движения, которые потом были наложены на 3D модели в игре. Таким образом, в то время как обычный удар рукой в двухмерном файтинге может делаться почти без задержки после нажатия кнопки, занимая всего два кадра анимации, удар рукой в трёхмерной игре происходит с задержкой после нажатия на кнопку, делая анимацию более реалистичной.

Задержка между нажатием на кнопку и ударом, радикально изменила геймплей в файтингах. Бун решил использовать нереалистичные скорость анимации и движений, свойственные для двухмерных игр, наложенные на трёхмерную графику. Таким образом геймплей во многом был похож на двухмерные игры серии. Хотя Mortal Kombat 4 вышел раньше чем серия Street Figher EX, последняя использовала более комплексную анимацию, что частично изменило геймплей. Некоторые критики, впрочем были разочарованы тем, что МК4 не игрался, как остальные 3Д игры того времени.